La investigación en la Facultad de Ciencias se desarrolla principalmente en el seno de los Cuerpos Académicos CA, mientras que el financiamiento para estas acciones se obtiene principalmente a través de apoyos en las Convocatorias internas de la UABC, PRODEP y CONACyT, así como de organizaciones sin fines de lucro como la Fundación Gonzalo Río Arronte, entre otros.

Como una muestra de esta actividad, el número de proyectos registrados en la Facultad de Ciencias por año y tipo de financiamiento: Recursos externos, convocatoria interna, así como los proyectos registrados en la unidad académica (sin financiamiento), en promedio 11.6 proyectos al año, de los cuales 4.9 son con financiamiento externo, 2.3 con financiamiento en convocatoria interna, y 4.4 son apoyados por la unidad académica, sin financiamiento.

Los proyectos con financiamiento externo tienen una presencia importante en la Facultad de Ciencias, ya que en los últimos 9 años se han aprobado en promedio 4.9 proyectos al año, con un máximo de 7 proyectos en 2013, 2015, 2016 y 2019, y un mínimo de 2 proyectos al año en 2012 y 2018. 

Los proyectos con financiamiento en convocatoria interna, por otro lado, tienen una presencia menor, ya que se han aprobado en promedio sólo 2.3 proyectos al año, con un máximo de 7 en 2015 y mínimo de 0 en 2014, 2016 y 2017. Una posible explicación para estos números es el reciente enfoque de la convocatoria interna en orientar el apoyo preferentemente hacia los cuerpos CA de reciente creación y en vías de consolidación en lugar de los CA consolidados, considerando que en la Facultad de Ciencias la mayoría de los cuerpos académicos son consolidados y sólo una minoría son cuerpos académicos en formación o en vías de consolidación. [Plan de Desarrollo de la Facultad de Ciencias 2020-2024]