La Facultad de Ciencias, de la Universidad Autónoma de Baja California, inició oficialmente sus actividades académicas el 21 de junio de 1977, con la carrera de Biología y bajo el nombre de “Escuela Superior de Ciencias Biológicas”. Un año después, el 10 de Noviembre de 1978 el Consejo Universitario aprueba la apertura de la Licenciatura en Física. En el verano de 1982 egresa la primera Generación de Biólogos y el verano de 1983 egresa la primera Generación de Físicos.
En el año de 1984 se festeja la primera semana de Biología los días 3 al 6 de mayo, en el año 1985 los días 13 al 15 de Noviembre se realiza la Primera Exposición Regional de Hongos y Líquenes de B.C.
En el año de 1986, el 27 de Noviembre  el Consejo Universitario aprueba el cambio de nombre de la Escuela; Escuela Superior de Ciencias Biológicas por Escuela Superior de Ciencias, naciendo simultáneamente las licenciaturas en Ciencias Computacionales y Matemáticas Aplicadas.
Para 1989, se aprobó la creación de la Maestría en Manejo de Ecosistemas de Zonas Áridas con lo que se denominó Facultad de Ciencias y el siguiente año ingresa en verano la primera generación.
En invierno de 1990 egresan las primeras generaciones de Lic. en Ciencias Computacionales y Lic. en Matemáticas Aplicadas.
En Enero del año 2007, en la Facultad inició el área de Nanotecnología con la Maestría y Doctorado en Ciencias e Ingeniería en Nanotecnología, como parte del posgrado en Ciencias e Ingeniería (MyDCL) de la UABC.
Actualmente, la Facultad de Ciencias tiene una planta docente de 48 académicos de tiempo completo y el
programa académico de la Facultad de Ciencias de la UABC se compone de cuatro programas de licenciatura: Biología, Física, Ciencias Computacionales y Matemáticas Aplicadas, además del programa educativo (PE) de técnico superior universitario en Ciencias Computacionales. En el estado de Baja California dichas carreras solo pueden estudiarse en la Facultad de Ciencias. Por su parte, los posgrados con que cuenta la Facultad son: la Maestría en Manejo en Ecosistemas de Zonas Áridas, la cual atiende estudiantes nacionales y del extranjero; la Maestría y Doctorado en Ciencias e Ingeniería con especialidad en Nanotecnología, el cual es un programa único en México, que ayuda a fortalecer los lazos de cooperación con diversas instituciones nacionales y del resto del mundo. Además, existen otros posgrados compartidos entre la Facultad de Ciencias y otras unidades académicas, entre otros, la Maestría en Tecnología de la Información y Comunicación.
En la unidad académica se ofrece al estudiante un ambiente académico y científico adecuado, ya que además contar con las instalaciones y equipo necesario que favorecen la docencia y la investigación, existe la posibilidad de interactuar con otras disciplinas técnicas y científicas que se imparten en este mismo campus o que se imparten en instituciones cercanas como el CICESE y la UNAM.